欧米の最大手玩具会社HASBROが1982年からスタートさせた約10cmのアクションフィギュアシリーズ『G.I.JOE A REAL AMERICAN HERO』。そのTVアニメシリーズの流れを汲むおよそ90分の長編作品が本作である。 世界征服を企み、人々に恐怖と絶望を与える悪の組織コブラ。その野望を打ち砕くため、様々な技能に秀でた正義のエキスパートチーム・G.I.ジョーのメンバーは世界各地で大活躍する。相次ぐ作戦の失敗を部下たちから問責されたコブラの司令官コブラコマンダーだが、謎の侵入者が基地に潜入。コマンダーはこれを機に組織内の邪魔者だったコブラエンペラー・サーペンターを侵入者に暗殺させようと企む。だがこの侵入者はサーペンターに対し、G.I.ジョーがヒマラヤでテスト中の新型機器B.E.T.の奪取を要求する……。 本作の実制作はTVシリーズと同様に東映アニメーション(当時は東映動画)が担当。