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1番に関しては主にリアルで妹がいない人に好まれていてかつ視聴者にとって理想的な可愛く身近な存在であるから。

２番に関しては単純に姉より妹の方が人気があるからまたは
姉というか年上というジャンルで考えるのであれば先輩の方が人気が出るから。

3番に関しては申し訳ないのですが分かりません。

上記のように私は考えています。

たぶん、これが発端。
義理の妹だけど、異性の女の子と2人だけで同居するというパターンを作った最初の作品。
これ以降、くり○むレモンとか、似たような作品が多く作られ、現在に至る。

極論を言うと[需要があるから]
ではなぜ妹は好かれるのか？というのは禁断的であったり、若い女を好むのは男性の本能であったり、妹は年下で立場的に上で扱いやすい等の理由では無いでしょうか。

父娘はさすがに倫理的に問題が生じてくるのでは、いくら禁断の関係といっても度が過ぎる印象。そもそも兄妹も別にOKというわけではないです、ただ姉妹に対して禁じられたエロスを感じてしまう瞬間というのは危険で甘美なものなのでは無いでしょうか。

海外では日本よりも宗教が深く根付いていますからこういった近親恋愛はタブーであり、避けられることが多いので、あまり数はなさそうに思います、姉妹との恋愛のような作品が多い日本の方が異常なのかもしれません。