時に西暦２２０２年。
　あの壮大な片道16万8000年光年にも及ぶイスカンダルへの大航海から宇宙戦艦ヤマトが帰還して、すでに３年・・・
　〈コスモリバーシステム〉により、かつての青い姿を取り戻した地球は、ガミラス帝国とも和平条約を締結していた。
　復興の傍ら防衛の為、最新鋭戦艦アンドロメダを含む新鋭艦隊の整備が進められていた。
　イスカンダルのスターシャの願いも虚しく、地球は軍拡の道を歩み始めていたのだ。
　はたしてこれが、かけがえのない数多くの犠牲の果てにヤマトが成し遂げた、本当の平和だろうか？
　宇宙の平穏を願う女神テレサの祈りが、ヤマトを新たなる航海へ誘う。
　いま、宇宙を席巻するガトランティスの脅威が、地球に迫っていた・・・


声優・キャラクター
小野大輔、桑島法子、鈴村健一、大塚芳忠、神谷浩史、甲斐田裕子、手塚秀彰、神田沙也加、菅生隆之

白色彗星帝国との戦いから三年――。 滅びに瀕したガミラス民族を救うべく、新たな母星の探索を続けていたデスラー総統は、 天の川銀河の一画に条件に見合う星を見出す。が、そこは、強大な星間国家の領域内であった。 銀河で勃発した領土紛争は、ガミラスと安全保障条約を結ぶ地球を否応なく巻き込んでゆく。 地球に軍事的・経済的優位性をもたらしてくれた時間断層という魔法は、自分たちの命と引き替えに消滅してしまった―― 自責の念に駆られながらも、ヤマト新艦長の任についた古代進は、 来るべき有事に備えて新クルーらと共に訓練航海に旅立つ。 その中に、自分をつけ狙う何者かが紛れ込んでいるとも知らずに。 かつてない不安の時代に、新たなる旅立ちの時を迎えるヤマト。 その行く手では、想像を絶する新たな敵が待ち構えていた……。

第十一番惑星の岩塊に埋もれたヤマトの頭上に、おびただしい数のガトランティス増援艦隊が到着する。
波動砲を封印した今のヤマトには為す術がない。逡巡の末に、古代が取った道とは──。
苦難の連続で追い詰められた古代を見かね、ヤマトに密航していた雪が姿を現したところで、事態が好転することはない。
必要に駆られ、惑星シュトラバーゼへと立ち寄ったヤマトを、二つの巨大な罠が襲う。
ガミラスに革命を促さんとする反乱軍は、なぜヤマトを待ち構えていたかのようにシュトラバーゼを襲撃したのか。
その混乱の中、古代はアケーリアス文明の遺跡の中でガトランティスの意思を体現する男と対面を果たしていた。
宇宙の真理として絶対的な“愛”を説く男は、
「おまえの愛を示せ」と、古代に恐るべき選択を迫るのだが──!?

声優・キャラクター
小野大輔、桑島法子、鈴村健一、大塚芳忠、赤羽根健治、國分和人、千葉優輝、麦人、チョー、千葉繁、森谷里美、細谷佳正、田中理恵、東地宏樹、雨谷和砂、石塚運昇、小島敏彦、手塚秀彰、甲斐田裕子、柴田秀勝、神谷浩史、菅生隆之

外宇宙から現れた謎の光が地球に向けて進んでいく。その光球飛行物体が通り過ぎていった各惑星の前線基地からの通信が次々と途絶し、さらに光球飛行物体は急速に地球に接近、地球側も迎撃ミサイルで応戦するも効果はなく、地球上に悠然と降り立ったそれは、超大型ミサイルであった。そして後から地球に押し寄せて来た大艦隊の奇襲攻撃に地球艦隊は為すべも無く壊滅し、地球は瞬く間に制圧される。暗黒星団帝国はヤマトの在処を示せと要求、超大型ミサイルは重核子爆弾で、地球の中間子質量を破壊し、人類の脳細胞を一挙に死滅させることが出来ると脅してくる。古代達ヤマトの乗組員達は、英雄の丘に集結、森雪のもたらした地球防衛軍長官からの極秘命令を受け小惑星イカルスへと向かう。

謎めいたガミラスの青年キーマンに誘われて、月面のガミラス大使館で大使のバレルと面会した古代は、惑星テレザートとテレサの物語を聞かされる。そして地球に戻った古代は〈コスモリバースシステム〉が地球にもたらした負の遺産の存在を知らされるのだった。改めて地球政府の方針に憤る古代は、自分たちに送られてきたテレサのメッセージに応えるべきと防衛軍の上層部に掛け合うが、ヤマト発進の許可を得ることはできなかった……。海底ドックに眠る宇宙戦艦ヤマトの前に、あのメッセージを受けたヤマトクルーが集う。古代は彼らと共に、“反逆"とも取られかねぬ独断での出航を決意するのだった。いま再び、宇宙戦艦ヤマトが発進する。行く手に待ち受けるのは、最新鋭戦艦のアンドロメダ。一方そのころ、太陽圏に侵攻したガトランティス先遣部隊が、第十一番惑星に迫っていた――。

声優・キャラクター
小野大輔、桑島法子、鈴村健一、大塚芳忠、麦人、千葉繁、田中理恵、久川綾、赤羽根健治、國分和人、千葉優輝、内田彩、中村繪里子、森谷里美、津田健次郎、土田大、石塚運昇、東地宏樹、雨谷和砂、小島敏彦、玄田哲章、江原正士、てらそままさき、神谷浩史、菅生隆之

23世紀初頭、星間国家ボラー連邦と新興帝国ガルマン・ガミラス帝国との間で、銀河の覇権を争う銀河系大戦が勃発。ボラー連邦の属領バース星をめぐる戦闘で、ガルマン・ガミラス帝国軍の使用した惑星破壊プロトンミサイルが流れ弾となり太陽に命中する。地球連邦大学のサイモン教授は、太陽で起きている核融合の異常増進に気づく。このまま進行すれば、1年以内に地球は灼熱地獄となり人類は滅亡し、3年後には、超新星爆発を起こして太陽系自体が消滅する。観測データと導きだされた結論を地球の危機として警告を発するが、地球連邦政府は事態の深刻さを理解するどころか、サイモン教授を大学から解雇する。ただ、地球防衛軍司令長官藤堂平九郎は、サイモン教授の警告を重く受け止めていた。最悪の事態に備え、ヤマトを第2の地球探しの特務艦として、銀河系中心方向に派遣することを決定。長く艦長代理を務めてきた古代進を正式に新艦長として任命。補佐役として島大介及び真田志郎を副長に任命。また、土門竜介、揚羽武ら新人乗組員を乗船させ出航準備を進めさせる。暁の日本アルプスの雪原から、ヤマトは人類が移住可能な惑星探索に旅立つ。

16万8000光年彼方の惑星イスカンダルを目指す宇宙戦艦ヤマトは、ワープや波動砲のテストをしながら太陽系を進んでいたが、ガミラスの軍勢がその行く手を阻む。古代進率いるヤマトの航空隊は、ガミラスの冥王星基地を叩くため発進するが、敵のシュルツ基地司令は強力な反射惑星砲で古代らを迎え撃つ。

『宇宙戦艦ヤマト2』で、ヤマトと別れたデスラーが新天地を探す旅に発つ前に寄ったガミラス星から始まる。暗黒星団帝国がガミラシウムを採掘していた。これに怒ったデスラーは攻撃を加え、交戦の結果、ガミラス星が崩壊。ガミラス星の消滅により連星を構成していたイスカンダルが暴走を始める。その頃、地球ではヤマトに新しい乗組員を迎え訓練に励んでいた。デスラーから発信された、救援を求める通信によりイスカンダルの危機を知ったヤマトは、地球防衛軍長官の命によりイスカンダルにスターシャと古代守の救助に向かう。

ヤマトは沈んだ。波動砲艦隊も壊滅的な打撃を受け、強大なガトランティスを前にもはや為す術をなくしたかに見えた地球。だがそれは、これから始まる未曽有の戦いの序曲に過ぎなかった。ヤマトの意志を受け継ぐ新たな艦、ヤマト級〈銀河〉の出撃。その脇を、かつて地球と戦ったガミラスの大艦隊が固める。数で圧倒するガトランティスに対して、地球・ガミラス連合軍は、時間断層工場をフル稼働させて大増産態勢を敷き、徹底抗戦の構えを示そうとしていた。それは、力と力がぶつかりあうだけの終わりなき消耗戦。ＡＩが立案した非情な作戦を実行するために、死に場所を求めて加藤のブラックバードが飛ぶ――。〈銀河〉の本当の任務、人類生存の為の［Ｇ計画］とは？ 帰るべきガミラスを追われたデスラーの去就は？　そしてヤマトは本当に沈んでしまったのか――？古代と雪を待ち構える壮絶な運命に、刮目せよ！

声優・キャラクター
小野大輔、桑島法子、鈴村健一、大塚芳忠、赤羽根健治、國分和人、千葉優輝、麦人、細谷佳正、田中理恵、東地宏樹、雨谷和砂、石塚運昇、甲斐田裕子、高垣彩陽、手塚秀彰、神谷浩史

西暦2199年。ヤマトは大マゼランを後にしようとしていた。
目的地イスカンダルで〈コスモリバースシステム〉を受領したクルーたちの間には穏やかな空気が流れていた。
その矢先、ヤマトは大マゼラン外縁部で突如出現した謎の艦隊と遭遇する。
彼らは〈ガトランティス〉を名乗り、ヤマトの引き渡しを要求してくる。
戦闘を回避し地球に急ぎたいヤマト。だがその前に未知の生命体まで出現し行く手を阻む。

間一髪ワープするヤマトだが、その眼前には、薄鈍色（うすにび色）の異空間に浮かぶ惑星の姿があった…。（新作）

声優・キャラクター
菅生隆之、小野大輔、桑島法子、鈴村健一、大塚芳忠、麦人、赤羽根健治、國分和人、千葉優輝、千葉繁、藤原啓治、久川綾、田中理恵、佐藤利奈、内田彩、細谷佳正、平川大輔、土田大、チョー、伊勢文秀、関俊彦、高城元気、はらさわ晃綺、遊佐浩二、森谷里美、木島隆一、宮本充、石塚運昇、小川真司、玄田哲章、江原正士、井上喜久子、山寺宏一、秋元羊介、大塚明夫、若本規夫、堀勝之祐、伊藤静、青山穣、中村浩太郎、森田順平、茅原実里、広瀬正志、中田譲治、佐藤せつじ、辻親八、諏訪部順一、里卓哉、吉開清人、柿原徹也、たかはし智秋、三浦綾乃、島香裕、江川大輔、優希比呂、大川透、小野塚貴志、岡村明美、岡本信彦

高野恭平、織田武長、遠山雪之丞、森井蘭丸はそれぞれの事情で高校に通うために、学校の近くにある洋館を、そこに住んでいる女の子をレディーにしてくれたら3年間家賃ゼロという条件で借りることに。ところがそこに住んでいたのは陰気、根暗、不気味、おまけにホラー大好きの中原スナコだった。不気味な洋館に美少年四人と根暗少女の奇妙な共同生活、そこに絡んでくるキャラクターたちも強烈。

声優・キャラクター
高口幸子、森久保祥太郎、杉田智和、野島裕史、山内悠椰、中原麻衣

時は25世紀。新天地を求めて地球を出発した恒星間移民船は、ブラックホールを抜ける旅の果てに、惑星イズモに到達した。地球人たちはそこで入植を開始し、イズモ人たちと共存する平和な村落が発達し始めていた。それから12年後、ヤマタノオロチの復活を目論むツクヨミの配下が平和な村を襲いはじめる。地球人入植者ヤマト夫妻の子、少年ヤマトタケルは、戦火の中で偶然に魔空戦神スサノオを発見する。スサノオに乗り込んだタケルはツクヨミの配下を撃退したものの、暴走するスサノオは開拓村まで焼き払ってしまう。村を追放されたタケルは、ツクヨミの野望を阻止するため、スサノオに導かれるように仲間たちと冒険の旅に出発するのだった。

声優・キャラクター
亀井芳子、緒方恵美、かないみか、茶風林、森川智之、喜田あゆ美、石田彰、古田信幸、堀内賢雄

西暦2199年。人類は絶望の淵に立たされていた。外宇宙から襲来した謎の星間国家〈ガミラス〉による遊星爆弾により地球は壊滅的な被害を負い、人類滅亡までの猶予はわずか一年…残された最後の希望。それは、人類初の恒星間航行が可能な宇宙戦艦〈ヤマト〉で、ガミラスの攻撃によって汚染された地球を浄化再生するシステム〈コスモリバースシステム〉を受け取りに行く〈ヤマト計画〉だった―――
人類の命運を懸けた16万8千光年の大航海を追想する。（新たな視点で振り返る特別総集編）

声優・キャラクター
菅生隆之、小野大輔、桑島法子、鈴村健一、大塚芳忠、麦人、赤羽根健治、國分和人、千葉優輝、千葉繁、藤原啓治、久川綾、田中理恵、佐藤利奈、内田彩、細谷佳正、平川大輔、土田大、チョー、伊勢文秀、関俊彦、高城元気、はらさわ晃綺、遊佐浩二、森谷里美、木島隆一、宮本充、石塚運昇、小川真司、玄田哲章、江原正士、井上喜久子、山寺宏一、秋元羊介、大塚明夫、若本規夫、堀勝之祐、伊藤静、青山穣、中村浩太郎、森田順平、茅原実里、広瀬正志、中田譲治、佐藤せつじ、辻親八、諏訪部順一、里卓哉、吉開清人、柿原徹也、たかはし智秋、三浦綾乃、島香裕、江川大輔、優希比呂、大川透、小野塚貴志、岡村明美、岡本信彦

人間にとって一番大切なもの……地球。われわれを生み、育てた母なる星。その地球を守るためにヤマトは再び立ち上がる。
地球連邦政府は、移民船団を組織し、地球から2万7000光年離れたサイラム恒星系アマールへの移民を決行するが、謎の大艦隊の攻撃に会い、第一次、第二次船団が
壊滅してしまう。古代進は第三次移民船団の護衛艦隊司令として宇宙戦艦ヤマトに乗り込んだ。かつて沖田艦長のもとでガミラスと戦った古代たちを彷彿させる若いクルー
たちとともに、ヤマトは凍りついたアクエリアスの海から雄々しく浮上する。しかし、はるか宇宙のかなたには、地球人類の移住計画を阻止すべく、星間国家連合のSUS艦隊
が待ち伏せていた……

声優・キャラクター
山寺宏一、青野武、置鮎龍太郎、古谷徹、茶風林、藤村歩、柚木涼香、永井一郎、緒方賢一、伊武雅刀、羽佐間道夫

宇宙戦艦ヤマトが回遊惑星アクエリアスの水柱を自爆により断ち切り、その海の中に自沈して17年が経過した西暦2220年。移動性ブラックホールが発見され、これが太陽系に接近して地球を飲み込むことが明らかになった。人類は、2万7000光年離れたサイラム恒星系惑星アマールの月への移民を計画。3億人ずつの移民を乗せた移民船団を第1次、第2次と出発させるが、それらはいずれも航海中に謎の敵から攻撃され、消息を絶ってしまった。第1次移民船団には古代進の妻、雪も搭乗していた。\nヤマトは、アクエリアス内に建設されたドックで修復・強化改装を受けて氷塊の中から甦り、第3次移民船団の護衛艦隊旗艦となった。宇宙の辺境で貨物船の船長に就いていた古代は地球の危機に際して帰還し、第3次移民船団の司令かつ新生ヤマトの艦長に着任する。