錬金術、それは「等価交換」の原則のもと、物質を理解、分解、そして再構築する、この世界で最先端の学術である。
この錬金術において、最大の“禁忌”とされるもの「人体錬成」。亡き母親を想うがゆえ、禁忌を侵し、全てを失った幼き兄弟。巨大な鎧に魂を定着された弟、アルフォンス・エルリック。機械鎧（オートメイル）をまとい、「鋼の錬金術師」の名を背負った兄、エドワード・エルリック。
二人は失ったものを取り戻すため、「賢者の石」を探す旅に出る。兄弟は「賢者の石」の真実に近づくにつれ、大きな陰謀の渦中へと突き進んでいく…。

声優・キャラクター
朴璐美、釘宮理恵、高本めぐみ、三木眞一郎、折笠富美子、内海賢二、藤原啓治、うえだゆうじ、佐藤美一、柿原徹也、浜田賢二、名塚佳織、柴田秀勝、三宅健太、井上喜久子、白鳥哲、高山みなみ、吉野裕行、沢海陽子、中井和哉、大友龍三郎

舞台は錬金術が科学として発達した世界にある軍事国家「アメストリス」。
幼き日に最愛の母親、トリシャ・エルリックを亡くしたエドワードとアルフォンスのエルリック兄弟は、母親を生き返らせようと、錬金術において最大の禁忌、人体錬成を行ったが、失敗し、兄・エドワード（エド）は左脚、唯一の家族である弟・アルフォンス（アル）は全身を失ってしまう。
エドは自身の右腕を代価として、アルの魂をかろうじて鎧に定着させたが、自分達の愚かさに気づく。その後エドは自ら失った右腕と左脚にオートメイル（機械鎧）を装着し、一時的に手足を取り戻す。
12歳となったエドは、国家錬金術師となり二つ名・「鋼」を授けられ、アルと共に元の体に戻る為、絶大な力をもつ賢者の石を探す旅に出る。しかし、旅には数々の試練がエルリック兄弟を待っていた。人ならざる人・ホムンクルスや、傷の男・スカーなど、迫りくる数多くの敵や苦難を乗り越え、エドとアルは本当の体を取り戻す事が出来るのか…｡

声優・キャラクター
朴璐美、釘宮理恵、麻生美代子、豊口めぐみ、置鮎龍太郎、大川透、根谷美智子、内海賢二、藤原啓治、松本保典、志村知幸、白鳥哲、室園丈裕、永井誠、柴田秀勝、佐藤ゆうこ、高戸靖広、山口眞弓、三石琴乃、こおろぎさとみ、鷹森淑乃

舞台は1923年のドイツ（ワイマール共和国）にあるミュンヘン。この頃のドイツでは、第一次世界大戦敗戦後の、インフレに伴う貧困に喘ぎながら、それでも人々は懸命に生きていた。

アニメ最終話で錬金術世界から現実世界へと飛ばされたエドワードは18歳になり、元の世界に戻る為にロケット工学を研究していたが、先の見えない現実に焦燥していた。その頃、エドの同居人で「自らの手でロケットを作りたい」と夢見るアルフォンス・ハイデリヒは、パトロンを得て念願のロケット製作に着手する。しかしその裏には謎の組織・トゥーレ協会の陰謀が隠されていた。

声優・キャラクター
朴璐美、釘宮理恵、豊口めぐみ、大川透、内海賢二、根谷美智子、麻生美代子、津嘉山正種、小栗旬、小栗了、沢井美優、かとうかずこ

ついに語られる、禁断の絆の物語。禁忌を侵したエルリック兄弟の、過酷な旅と魂の行方を壮大なスケールで描いた原作は大きな反響を呼んだ。また、原作完結にあわせて放映されたTVアニメションが話題を集めたことも、記憶に新しい。その『鋼の錬金術師』が2011年・夏、再びスクリーンに登場する！監督に村田和也（『コードギアス反逆のルルーシュ』シリーズ）、キャラクターデザイン・総作画監督に小西賢一（『東京ゴッドファーザーズ』）と新たなスタッフを迎え、さらに脚本には、『ホワイトアウト』などで知られる小説家・真保裕一を起用。これまでのシリーズと同様、スタジオ・ボンズがアニメーション制作を手がけ、劇場版ならではのスケールで贈る『鋼の錬金術師 嘆きの丘（ミロス）の聖なる星』。エドワード・エルリックとその弟、アルフォンスー運命の波に翻弄されながらも、二人はまだ旅の途上にあった……。ついに語られる禁断の〈絆〉の物語が、今ここに幕を開ける！

DVD/Blu-ray Disc第1巻に付属される。

「人体錬成」に成功した錬金術師がいるという噂を聞き、真相を探るエドとアル。

名家ハンベルガング家の専属錬金術師、ジュドウに接触したエルリック兄弟は、屋敷内の衝撃的な真実を知る…。

DVD/Blu-ray Disc第13巻に付属される。

ロイとヒューズの出会いをつづったストーリー。

DVD/Blu-ray Disc第9巻に付属される。

イズミさんがブリッグズ山で死にそうになりながら修行する話とイズミさんとシグさんの出会い、短編ギャグアニメ。

DVD/Blu-ray Disc第5巻に付属される。

ウィンリィとホークアイ、2人の出会いと裏エピソードを綴ったストーリー。

２００５年春に期間限定で、ＵＳＪで開催された「鋼の錬金術師 プレミア・ツアー」で上映されたオリジナルアニメーション。
エドとアルとウィンリィを人質に取ったホムンクルスと国家錬金術師の戦闘を描いており、新米軍人の国家錬金術師の目線から描かれている。
なお、上映されたオリジナルアニメに未公開シーンを加えた完全版が、2006年3月29日にＤＶＤで発売されています。

映画「鋼の錬金術師 シャンバラを征く者」の収録後の宴会という設定で、２頭身となったキャラが、居酒屋で映画に関するぶっちゃけトークをするギャグ満載な内容。
なお、劇場版に登場していないキャラクターも登場します。

２００５年の夏、幼少期のエド、アル、ウィンリィを思わせる子供達が、ある大事な人に会いに東京へ来た物語です。
途中で何処かで見たような人達も登場します。